宮沢賢治の世界を再現したテーマパーク、イーハトーブワールドの銀河鉄道列車に乗ることになったコナンたち少年探偵団と蘭、園子。
幻想的な星空の世界を満喫していると突然、キッドからの予告状が届く。
繰り広げられる、キッドとのお宝争奪戦！しかしそこには思いもしない罠が仕掛けられていた。
あの大人気アニメのプラネタリウム版最新作がついに登場！