無脊椎動物のなかで昆虫・貝類・甲殻類以外の全ての分類群を含んでいる。 海綿動物、刺胞動物、節足動物、棘皮動物などの乾燥標本、液浸標本からなっている。 標本類は、収蔵庫4および収蔵庫5に収蔵されている。

三河湾・遠州灘から採集された海産カイメン類と豊橋市を中心とした地域の溜め池、河川から採集したタンスイカイメン類の標本からなっている。 乾燥標本と液浸標本からなっている。

昆虫類・甲殻類以外の節足動物のコレクション。

遠州灘、三河湾などで操業される底引き網漁に混獲されて水揚げされるウニ、ヒトデ、ナマコ類など、約50点の標本を収蔵している。