収蔵庫２　化石資料は時代ごとに保管管理されている

化石資料は、世界各地から収集した標本を収蔵している。 先カンブリア時代から新生代までの化石資料は、学芸員の採集のほか、寄贈、購入によって収集されたものである。 博物館に受けいれられた資料は、登録後に収蔵庫１・２に保管される。 登録標本には、新種記載のもとになったタイプ標本が含まれている。

グリパニア　種類：藻類

産地：アメリカ・ミシガン州

地質時代の大半を占める先カンブリア時代の化石資料は、生物の初期進化を探る上で重要である。最初の真核生物や最初の動物群であるエディアカラ動物群の化石が代表的なものである。ストロマトライトも化石資料に含めてある。

ユ－ステノプテロン
種類：魚類

産地：カナダ・ケベック州

カンブリア紀からペルム紀までの各時代の化石を収蔵している。 植物、海綿類、貝類、ウミユリ類、腕足類、魚類、両生類などの化石がある。 石炭紀のメゾンクリ－ク生物群の化石やボリビアの化石は、まとまったコレクションである。

タラソメドン
　種類：首長類

産地：アメリカ・コロラド州

三畳紀から白亜紀の各時代の化石を収蔵している。植物、ウニ類、アンモナイト、イカ類、甲殻類、翼類、魚竜、首長竜、恐竜類、哺乳類などの化石がある。 まとまったコレクションにはレバノンの魚類化石とブラジルの昆虫化石がある。

パラントロプス　時代：鮮新世
（左）　産地：タンザニア

ホモ・エレクタス　時代：更新世
（右）　産地：フランス

始新世から更新世の各時代の化石を収蔵している。 植物、有孔虫類、海綿類、貝類、昆虫類、甲殻類、ウニ類、両生類、哺乳類などの化石がある。 霊長類の進化を示す頭骨のレプリカコレクションや愛知県の貝類化石は充実している。